Интрига игры завязывается после событий мода Чистое небо, развязка которого не устроила Q-сознание, решившее перекроить историю в лучшую для себя сторону.
Смерть Стрелка, в результате известных действий отряда ЧН и Шрама, приводит к мегавыбросу, породившему самостоятельно мыслящую часть ноосферы Земли, Разум зоны. Полученный результат не устраивает ученых, проводящих этот эксперимент с изменением под свои цели текущей реальности, в которой Стрелок должен, благодаря своим особым способностям, стать одним из членов Q-сознания
Q -сознание решается на новый эксперимент с созданием реальности, в которой Стрелок и ключевые фигуры будут живы, а Разум зоны уничтожен. Шрам вновь появляется на базе ЧН и должен дойти до станции, чтобы предотвратить смерть Стрелка, заново пройдя основные вехи прежнего пути.
Завязывается сложная интрига в очередной реальности, созданной Q-сознанием. Разум Зоны осознает себя, отождествляясь с образом случайной девушки. Разум понимает, что в результате эксперимента (Реконструкции реальности) возникнет новая реальность, в которой он будет уничтожен, стерт новым выбросом. Свою сверхзадачу, собственное выживание, Разум возлагает в первую очередь на Шрама, помогая ему и направляя. Неоднократные эксперименты с Реальностями лавинообразно множили варианты будущего, в результате у Шрама появились и новые противники, в лице Патруля времени, стремящегося прекратить эксперименты с Реальностями, и помощники, в виде группы « Уйти неотмщёнными».
В момент спасения Стрелка от гибели и в начале Реконструкции существующей реальности, Стрелок получает мгновенный доступ к информации Ноосферы Земли / у Стругацких это называется "инсайт" /, выдерживает это и осознает всю информацию, касающуюся экспериментов зарвавшихся ученых и их последствий. В результате, он принимает решение об уничтожении Q-сознания и становится его врагом, как и Шрам к концу Реконструкции реальности.
Обжегшись на побочном эффекте в виде зарождения самосознания Зоны, Q- сознание решает действовать другими методами и запускает программу кодирования сталкеров.
Разум Зоны, скрытно от Q-создания, для собственного выживания в новой реальности, создаваемой Реконструкцией, порождает три споры, Артефакты смерти, в которые заключает информационную копию своего сознания, и направляет Шрама для решения задачи их сохранения, корректируя события в нужное русло.
В результате сложной комбинации действий всех разнонаправленных сил, Шрам в конце игры становится обладателем трех Артефактов смерти, разум Зоны на этот момент оказывается стертым в результате выброса, группировка ЧН уничтожена, а Стрелок остается с задачей, как реализовать уничтожение Q-сознания. Дальнейшее развитие событий последует в новой части игры.
Природа не прощает нелепых игр с собой. Всю меру ответственности за самонадеянные действия Q-сознания по уничтожению Разума Зоны в момент проводимых им преобразований, люди ощутят во второй части игры. Путь будет долгим и трудным.