Федеральный войска и полиция обнаружили и разгромили крупнейший склад известного нарко-картеля. Оказалось, что часть прибыли от продажи наркотиков предназначалась для поддержания мятежников, провоцировавших антиправительственные выступления в провинции N. Эксперты считают, что в деле замешаны также агенты ФБР.

После того, как от отравленного кокаина умерло более 250 человек, Сол Майерс приплывает в южную Колумбию, где должен найти загадку отравленного кокаина. По ходу игры Майерс пройдёт через множество приключений и в конечном итоге наткнётся на Инкское племя, виновное в появлении отравленного кокаина.

Вооружение
Армейский нож KA-BAR.
Colt Anaconda — револьвер калибра .44 Magnum. Имеется с самого начала игры. Высокая убойная сила делает его смертоносным в ближнем бою. Иногда им вооружены бандиты. Главный минус — всего шесть патронов в барабане и длительная перезарядка.
Обрез дробовика — излюбленное оружие бандитов. Убойная сила лишь немногим больше чем у Colt Anaconda, но всего два патрона делают его малопригодным даже на начальном этапе игры.
Benelli M4 Super 90 — полуавтоматический дробовик. Лучшее оружие для ближнего боя. С одного выстрела может убить противника. Часто встречается у высокоранговых бандитов, партизан и официалов. Восемь патронов в магазине.
АК-47 — высокая убойная сила, распространённый патрон и высокая надёжность сделали это оружие идеальным для условий Колумбии. Им часто вооружены партизаны и высокоранговые бандиты. В магазине тридцать патронов. Возможна установка коллиматорного прицела и подствольного гранатомёта.
M4A1 — американская штурмовая винтовка. Позиционируется как конкурент АК-47. Лучшие по сравнению с последним точность и дальность стрельбы, но меньшая надёжность. Излюбленное оружие официалов и наркомафии. В магазине двадцать патронов. Возможны те же апгрейды, что и для АК-47.
Uzi — израильский пистолет-пулемёт. Оружие для ближнего боя с большой скорострельностью.
M249 — лёгкий пулемёт. Идеальное оружие для подавления противника. Высокая убойная сила и большой магазин делают его идеальным для боя с большим количеством врагов. Для использования требуется перк «Пулемётчик».
СПП-1М — подводный пистолет. Абсолютно бесшумен и может стрелять как на суше, так и в воде. Идеален для скрытых операций. Четырёхзарядный.
СВД — снайперская винтовка. Отличное оружие для боёв на дальних дистанциях. Удобна и надёжна. Магазин на пять патронов.
Арбалет. Абсолютно бесшумен, но низкая дальность стрельбы требует тренировок для его использования. Крайне удобен для скрытых операций. Однозарядный.
М79 — гранатомёт времён Войны во Вьетнаме. Требует тренировок для использования. Удобен против лёгкой техники и больших скоплений противников.
РПГ-18 — одноразовый реактивный гранатомёт. Единственное предназначение — уничтожение техники и укреплений. Для использования требуется перк «Гранатомётчик».
ПЗРК «Стрела» — переносной зенитный комплекс, единственное предназначение — уничтожение авиации. Для использования требуется перк «Гранатомётчик».
Ручная граната — осколочная граната. Удобна против больших скоплений врагов.
Противотанковая граната — советская противотанковая граната времён Великой Отечественной войны. Удобна как против техники, так и против скоплений врагов и зачистки помещений.

Основные отличия от Xenus: Boiling point
Сон больше не восстанавливает здоровье.
Спать в машинах нельзя.
Для увеличения возможностей игрока необходимо устанавливать перки (открываются во время прохождения).
Улучшенные физика, графика.
Увеличенное число оружия и транспортных средств.
Основную площадь игрового пространства занимает вода.

Основные фракции
Гражданские — мирные жители, уже известные по предыдущей части.
Официалы — правительственные войска. Настроены против бандитов и наркомафии.
Партизаны (Герилья) — презирают наркомафию, также враждуют с бандитами и официалами. Вооружены в большинстве своём старым оружием советского производства.
Наркомафия — одна из отрицательных группировок на острове. Находятся на Эспаде и Баллене. Имеют тяжёлое вооружение западного производства.
Индейцы — мирная и нейтральная группировка. Встречаются в одной из сюжетных миссий. Вооружены традиционным аборигенским оружием и мушкетами XVII века.
Бандиты — главная отрицательная группировка. Владеют борделем на Баллене.
ЦРУ — нейтральная группировка, собранная из меньшего количества людей, имеют своего представителя на Баллене. Редко встречаются.
Парамилитарес — с самого начала враги. Анархисты и бандиты, для которых нет ничего святого. Даже бандиты и наркоторговцы презирают парамилитарес за их беспринципные зверские методы. Парамилитарес нападают на мирных граждан и при встрече с официалами или партизанами бегут.
Отморозки — охраняют личный остров и не хотят его отдавать. Встречаются отморозки уровнем от обычной шпаны до «элиты» в бронежилетах. Неплохо вооружены и имеют личную ЗПУ на острове.
Индейцы-культисты — хранят культ и историю. Виновники истории с отравленным кокаином, агрессивны. Вооружены как и обычные индейцы, но в силу того, что принимают кокаин, более стойкие.
Вандалы — появляются при прохождении миссий за бандитов и за гражданских.