Начать стоит с того, что эти два проекта изначально под собой ставят различные цели. Tor создавался для достижения высокой анонимности в обычном интернете, а i2p создавался как отдельная от обычного интернета сеть. Со временем, проект Tor добавил функционал, который позволяет анонимно размещать сайты внутри .onion, а создатели i2p добавили возможность выходить в обычный интернет через i2p outproxy. Теперь разница между двумя этими проектами не столь очевидна как раньше, но я бы строго рекомендовал использовать эти два инструмента только по их прямому назначению.

Проблема в том, что небывалый успех некоторых отдельных .onion сайтов привел в .onion огромное количество пользователей. Нецелевое использование Tor вскрыло множество его недостатков, постоянно возникают сообщения о деанонимизации владельцев .onion сайтов, выявляются уязвимости и баги в этом функционале.

В то же время, Tor до сих пор обеспечивает высочайший уровень анонимности для работы в обычном интернете. Благодаря высокой популярности, сеть постоянно находится под присмотром огромного количества исследователей, уязвимости очень быстро выявляются и исправляются.

Разговоры о том, что тор под колпаком спецслужб - на уровне бабок у подъезда. Слух пошел от того, что разработкой Tor изначально занималась группа ученых из DARPA - института перспективных разработок для армии США. Эти же ребята разработали ARPANet, который в последствии стал нашим современным Интернетом. Ученые открыли исходный код Tor и передали его разработку в руки сообщества, примерно так же, как это было с Интернетом и другими полезными разработками военных.
Много слухов возникло еще потому, что в 2013 году ФБР арестовало владельца Freedom Hosting и огромное количество сайтов, которые там располагались, стали деанонимизировать пользователей. Это опять же порождает у неграмотных людей дурацкие заблуждения. Сам Tor скомпрометирован не был, это сотрудники ФБР завладели серверами Freedom Hosting и подменили содержание сайтов. Впрочем, как был задержан владелец хостинга - история умалчивает.

I2P, в свою очередь, гораздо интереснее .onion в плане скрытых сервисов. Сеть изначально создавалась, как децентрализованная полноценная альтернатива интернету. Основное внимание разработчики уделяют именно скрытым сервисам, поэтому предпочтительнее использовать I2P в качестве хостинга для анонимного сайта. Еще один вектор применения I2P - быстрый и безопасный файлообмен. Благодаря встроенным торрентам очень удобно обмениваться любыми файлами, будь то музыка, кино или программы. В том же .onion файлообмен - медленный и затруднительный процесс, а торренты через Tor качать категорически не рекомендуется.

Основное заблуждение на счет I2P - что Java ненадежная, так как в ней находят уязвимости, поэтому I2P тоже ненадежен. Это утверждение делается людьми, которые не различают язык программирования и программы, которые на нем написаны. Сам язык Java не "дырявый", ошибки находят в Java плагине для браузеров, который никак с I2P не связан.

На данный момент, релеев Tor всего около 6 тысяч. В сети i2p каждый клиент является релеем, а их количество превышает 50 тысяч.

В целом, оба эти инструмента достаточно хорошо выполняют свои задачи. Вполне вероятно, что существует системная пропаганда против средств анонимизации, чтобы люди боялись и не доверяли им. Используйте их по назначению и не принимайте на веру утверждения анонимных всезнаек.