Все мы – лишь пешки на карте Зоны.
Пешки в игре, которой мы не понимаем, и не пытаемся понять.

Спустя тысячи часов, проведенных здесь, я, добившийся всего, чего желал когда-то – круглой суммы на банковских счетах в трех странах мира – понимаю, что не уйду отсюда так просто. Я смотрю на новичков – и вижу себя, я потерял здесь больше друзей, чем было у меня за всю жизнь, я убил здесь больше людей, чем когда-то в Афганистане, и даже кличка Стрелок стала мне роднее, чем собственное имя.

Сначала я хотел всего лишь выжить. Потом я считал, что отсюда можно убежать. Но сейчас для меня пришло время узнать – кто и зачем это сделал. У Зоны есть сердце, есть создатель – и я найду его, рано или поздно.

Одна из пешек сделает свой собственный ход.

Действия игры разворачиваются в 2008 году, спустя два года после «Второго взрыва» на ЧАЭС. Главным героем игры, так же как и в S.T.A.L.K.E.R.: Тень Чернобыля, является Стрелок, который в то время был ещё военным. Сюжет рассказывает о становлении его как «сталкера» и знакомстве с Призраком.