Это история о двух братьях. Старший — Линкольн Барроуз, парень неблагополучный, находится под стражей в тюрьме строгого режима «Фокс Ривер» в ожидании смертной казни за убийство брата вице-президента, которое он не совершал. Его брат Майкл Скофилд решает спасти своего брата и устроить побег из тюрьмы. Для реализации плана Майкл устраивает фальшивое ограбление банка, отказывается от услуг адвоката и сам садится в ту же тюрьму, где ждет казни его брат. В своё время он работал в фирме, которая занималась реконструкцией объекта «Фокс Ривер» и знает немало интересных особенностей всех помещений. Вся необходимая информация всегда находится при Майкле, поскольку перед отправкой на тюремные нары он сделал себе впечатляющую татуировку на теле.

В то время, как Майкл работает над выполнением плана в тюрьме, знакомясь с местными авторитетами и готовя побег века, подруга детства братьев — адвокат Вероника Донован занимается собственным расследованием убийства брата вице-президента. Она пытается выяснить, кто же подставил Линкольна и кто стоит за чередой убийств, связанных с этим делом.