Убивая врагов нужной фракции, получаем карму выше > 0 и вы им более не враг.

P.S. Неожиданная враждебность нейтральных НПС случается, если в одном из отрядов, среди нейтралов есть нпс, враждебный к вам и если он вас заметит, то может передать враждебность всем нейтралам в этой точке - это баг чистого Dead Air и к сожалению пока не найдено решение полностью искоренить его, потому пришлось придумывать "ходы" с + и - в энциклопедии, при убийствах тех или иных НПС фракций.
Одним из решений - это временный игнор, подождать денек-другой, нпс часто перемещаются по точкам и могут уйти с вашего проблемного участка. Можно издалека попытаться его обязательно ваншотнуть со снайперки или максимально присев, попробовать от бедра (в этом режие в Dead Air игрок стреляет как снайпер) или разносить этого врага, как и тех, кто стал по вам стрелять.

Баг с одиночным или авто режимом в Dead Air был с ПКМ и грейдами пистолетов на автоматический огонь. ПКМ подправлен, грейды к сожалению не было времени смотреть, кроме меньшего веса грейдов, а то например пистолет на 600гр, часто грейдами набирал нереальный вес. Потому все грейды в плане развесовок поправлены + Удобность немного снижает вес, скорострельность или точность добавляет.

P.S. По докам из Агро много раз было написано - поправится в патче, их место в ТЛ осталось из одного из не вошедших квестов

прыгай в лаву - там тайник

кстати вопрос как раз по этому квесту, диалог у ученного появился на взятие квеста, но он красный, и при взятии он в конце говорит, что-то на подобии "не такой и важный артефакт" не хватает репутации?