Год в игре, насколько я помню, не указывался, поэтому можно брать за основу 2009 год. Группа военных, в которую входит наш Стрелок, и которой командует некий Кэп, летит в Чернобыльскую Зону Отчуждения для выполнения засекреченного спецзадания. Однако, на Кордоне, между АТП и ЖД насыпью, вертолёт военных неожиданно терпит крушение, так и не добравшись до цели. Стрелок приходит в себя и обнаруживает тела своих сослуживцев, но... Кэпа среди них нет.

Что нам даёт этот маленький кусочек сюжета? Как минимум в такой завязке у нас есть ГГ, который предстаёт опытным воякой, но малопонимающим в сталкерском деле. То есть, он может держать в руках оружие, но не поймёт, как одеть артефакт на пояс. Но это только пока. ГГ очнулся возле вертолёта, который почему-то упал. Воздушные аномалии, диверсия, неполадки? Отличная завязка для основного (побочного) квеста ГГ на Кордоне: "расследовать причину падения вертолёта". И тут же выплывает следующий: "найти командира". ГГ пытается связаться с ним по рации, но она оказывается сломанной.

Для поиска Кэпа он направляется в ближайший лагерь сталкеров и знакомится с Ржавым, который говорит, что не видел военного, но может помочь. У него завалялась рация, которую он готов любезно отдать Стрелку за небольшую услугу. Так как Стрелок калач тёртый и стреляный, он просит его разобраться с бандитами, которые мешают жить честным сталкерам. Сделав это - ГГ возвращается, но Ржавый не торопится выполнять свою часть сделки. Оказалось, что не все бандиты повержены. Небольшой отряд взял в плен друга Ржавого Свистуна и явно готовится требовать выкуп. Освободив Свистуна ГГ наконец-то получает рацию и... решает связаться со штабом. "Орёл-7" (летело семеро бойцов) докладывает "Гнезду" о случившемся и просит дальнейших указаний. Ему дают наводку на последнее местоположение Кэпа, где он связался со Штабом, и приказывают объединится.

Рыжий даёт два квесты: "отбить бандитов" (не на АТП) и "спасти Свистуна", благодаря чему мы связываемся со штабом и узнаём, что Кэп недалеко ушёл от места крушения. Задание "найти командира" обновляется и нашей целью становится АТП.

Разнося всё и вся в пух и прах ГГ натыкается на раненого бандита Труса. Тот нам сообщает, что Кэп оказался не из простых и когда ему выбили мыло из рук - он заставил всех в душе наклонится за ним. сбежал на Свалку.

Задание вновь обновляется и теперь мы можем идти на Свалку. Но при этом у нас ещё есть квест на вертолёт и другие побочные квесты, которые можно придумать.

На Свалке ГГ натыкается на сталкерский лагерь, где заведует всем Батька. Тот говорит, что поможет найти командира, если Стрелок принесет артефакт Пустышка. После этого он рассказывает, что видел, как один вояка двигался в сторону Агропрома.

Получаем один единственный основной квест на Свалке "найти Пустышку", что отнюдь не лёгкая задача. Ищем артефакт, выполняем побочные квесты других персов лагеря и уходим на Агропром.

Но попадает ГГ в подземелья. Там он находит раненного Кэпа, а тот рассказывает о цели отряда - ликвидировать учёного Маниковского, который находится в плену у наёмников и слишком много знает, из-за чего его и убивают. У Кэпа смертельное ранение и спасти его нельзя. Лагерь наёмников оказывается в этих самых подземельях, поэтому разнеся всех Стрелок решает судьбу Маниковского. В случае убийства Стрелку сообщают о том, что он может прийти к месту эвакуации и уйти из Зоны; придя, Стрелок напарывается на засаду наёмников. Он возвращается в лагерь на Свалку, и ему говорят о учёном, который сидит в лагере на «Ростке». Если Стрелок щадит Маниковского, то тот его сразу же направляет на «Росток» к своему ассистенту Кайзановскому.

На вопрос, а шо военные ничего не делали? Есть ответ! А кто сказал, что в 2009 там была их База? До 2011 там была База зарождающегося ДОЛГа. То есть её становление и она ещё не успела стать той силой, что показана в трилогии. Можно попробовать показать историю зарождения ДОЛГа и встретиться с капитаном-генералом Таченко и его помощником Ворониным, после подземелий. Историю Таченко вообще никто не пытался раскрыть, а тут хотя бы такая побочная ветка с основателем ДОЛГа будет.

В подземельях заканчивается квест "найти командира", появляется квест "найти учёного" (можно поставить его в тайнике группы Стрелка, мол тогда он это место сразу заприметил). Побочные квесты в подземелье отсутствуют, но на Базе можна сделать ветку ДОЛГа.

Дальше я собственно, потерял нить повествования этой игры. Учёные пытаются добраться до Х-16, есть две группы учёных - одну выкосили почти всю (выжил только профессор Кобольд), а вторая в опасности и стрелок должен всех спасти. Но он опаздывает - все мертвы, трупа Кайзановского нет и Стрелок спускается в X-16 (как? разве пси-шлем не в 2011???) и находит смертельно раненого Кайзановского, тот дает ему флешку с информацией о Зоне и говорит, что Зона — это проделки не инопланетян, а человека, и что она растёт, также флеш-карта не должна попасть не в те руки. При выходе из лаборатории Кобольд встречает Стрелка как друга и по дружески всаживает в него пару пуль руками наёмников и забирая флешку.

На удивление, Стрелок выживает, его находит Призрак, который помогает добраться до Болотного Доктора и тот спасает его окончательно. Спаситель предлагает Стрелку покинуть Зону, что намекает на то, что Призрак возможно собирался покинуть Зону в ТЧ, но трагически погиб раньше. Стрелок отвечает, что не верит в случайности и утверждает, что выжил при падении вертолёта и после предательства Кобольда не спроста. Призрак отвечает, что это скорее из-за плохой меткости наёмников, но Стрелок уверенно решает решает остаться в Зоне и расследовать её загадки.

Шутка.
Успехов в разработке!