Геймплей:
- Открыты переходы на все локации.
- На крупные базы добавлены проводники по локации.
- На крупные базы добавлены тайники для складирования вещей
- Добавлены квестовые персонажи на большинство локаций
- Переделана глобальная карта Зоны
- Восстановлены концовки при захвате всех секторов.
- Добавлены около полусотни достижений за убийства, захват и прочее.
- Добавлены гранаты.
- Добавлена возможность вызвать на помощь ближайшие отряды во время боя.
- Добавлена ночь и игровое время. Время указано в ПДА.
- Улучшены дополнительные задания.
- Добавлена возможность обмена вещами между своими или торговля между союзниками.
- Добавлены раненые с просьбами о помощи и т.д.
- Добавлена новая система взаимоотношений. Торговля, использование техника, обмен с отрядами, обыск трупов и прочие действия теперь необходимо выполнять через левую панель нажатие кнопки "торговать".
- Добавлен уровень группировки и награды за получение нового уровня.
- Добавлена возможность выбрать стартовую локацию, расширено с двух до пяти локаций.
- Изменен выброс: Время действия увеличено, добавлено предупреждение о скором выбросе за несколько минут до его начала.
- Добавлен отсчет времени до удара.
- Некоторые отряды были переработаны, изменено оружие у бойцов, броня и предметы в рюкзаке.
- Были исправлены некоторые единицы оружия, их цены, урон и дальность. То же коснулось и брони.
- Добавлены новые виды оружия и брони (в основном для Контента).
- Изменены детекторы, механика поиска артефактов, характеристики, цены и прочее.
- Изменено количество бойцов в некоторых отрядах.
- Изменены цены большинства предметов.
- Заменены звуки оружия и некоторые иконки.
- Совершенно новый дизайн игры, а также большинство текстур переделаны.
- Изменены уровни сложности, теперь их 4. От лёгкого, до очень сложного.
- Добавлен просмотр всех отрядов на локации. При выборе нужного отряда его приоритет становиться высоким на карте.
- Добавлена статистика доходов и расходов.
- Изменены все панели в игре. Все совмещены в ПДА.
- Добавлена расширенная информация о группировке.
- Изменены основные задания, а также дополнительные. Удобство использования и автоматика.
- Вырезаны способности группировок.
- Полностью переработан техник и его цены.
- Улучшена система сообщений в ПДА.
- Добавлены фоновые звуки окружающей среды. Днем дневные, ночью соответственно ночные.
- Добавлена озвучка бросания гранат и призыва на помощь.
- Изменены свойства артефактов.

ИИ:
- Улучшен интеллект ботов.
- При выбросе отряды бегут к ближайшим защитным точкам.
- При наступлении ночи отряды возвращаются на базу.
- При наступлении утра отряды выходят в Зону.
- Ночью мутанты более агрессивны и сильны.
- Боты не прекращают активность.

Изменения основных заданий (Захват сектора):
- Механика выдачи и выполнения заданий изменена, больше автоматики, баги исправлены.
- При покупке точки, которую нужно захватить, задания считается выполненным.

Изменения дополнительных заданий:
- Дополнительные задания теперь выдают квестовые персонажи на локациях.
- Можно брать до 10-ти дополнительных заданий одновременно.
- Добавлены задания на убийство легендарного сталкера и возврат его ПДА.
- Предметы по заданию нужно возвращать тому персонажу, у которого она было взято.

Повышение уровня группировки:
- Добавлен опыт группировки, который повышается при убийствах, захвате и т.д.
- При повышении опыта до 1000 ед. Увеличивается уровень группировки.
- За повышение уровня группировки дается награда (Одна из нескольких – случайно).

Исправлены все баги версии 3.1 и 3.2.