Главный герой - бывший сталкер, который накопил денег и покинул Зону 10 лет назад. Игрок прибывает в НІІЧАЗ, чтобы получить официальный пропуск в Зону. Там он знакомится со Стрелком, а через день Стрелка убивают. Так как Главный Герой - последний, кто общался со Стрелком, то все подозрения падают на него и ему приходится бежать в Зону. Во время пребывания в Зоне ему нужно узнать, кто убил Стрелка и через что.

- Настоящее ФИО Стрелка: "Стрелецкий Павел Константинович";

- В игре действительно планировался бесшовный мир;

- Главный герой - бывший сталкер, накопивший денег и покинувший Зону 10 лет назад. Ему начинают сниться абсолютно реалистичные, тревожные сны, в которых он видит знакомые места Зоны. После того, как эти видения начинают вторгаться в реальную жизнь, игрок направляется в Зону;

- Стрелок погибает в самом начале сценария. Главного героя обвиняют в его убийстве.

- Главный герой Чистого неба, Шрам - остался жив!

- В игре вновь придумана пси-установка! Она должна усилить поток энергии ноосферы. Тем самым увеличится поток артефактов, сбыт которых заговорщиками уже давно налажен. Главному герою довелось бы ее отключать.

- В сценарии присутствовало множество персонажей, знакомых по первой трилогии. Например, Доктор, Бармен, Стрелок, Дегтярёв, Шрам,

- Были придуманы завязки более чем для 150-ти побочных квестов.

- Планировалось улучшение стелс-режима.

- Возможность вести переговоры через ПДА. Билдовская идея могла вернуться в S.T.A.L.K.E.R. 2