Главный герой – Александр Воронов, лишь недавно окончивший институт и ищущий острых ощущений. С помощью сталкера по кличке Проводник он проникает в Зону.
Сюжет построен, в основном, на человеческих взаимоотношениях: как тот или иной может поступить по отношению к тому или иному человеку. В игре присутствуют несколько моментов, где можно вдоволь настреляться, эдакое «мясо», но сюжет не полностью состоит из заданий – найди и убей, иногда придётся подумать головой и выкручиваться из ситуации без применения оружия. Некоторые квесты вам покажутся однообразными, но если вы будете выполнять их все, то увидите несколько неожиданных сцен, где главный герой является не самой главной фигурой.

-Новая, хорошо проработанная квестовая часть. При прохождении некоторых квестов нужно включать логику. Сюжет присутствует абсолютно на всех локациях.
-Удаление и изменение оригинального контента: персонажей, диалогов; полное вырезание оригинальной сюжетной линии; некоторые локации подверглись тотальному перезаселению.
-Раскрыты судьбы некоторых персонажей, известных по приквелу «Чистое Небо» и сиквелу «Зов Припяти». Также присутствуют герои из книжной серии Сталкера со своими историями и судьбами; есть некоторые персонажи из других модов. Диалоги написаны в соответствии с характерами героев, некоторые диалоги переписывались ни один раз. Некоторые клички неписей могут совпадать с кличками из других модов или книг, но это не всегда значит, что это один и тот же персонаж.
-Радикально изменен баланс игры в сторону усложнения игрового процесса: даже такой незначительный момент, как фонарик, работающий только при помещении в слот, очень усложняет выживание в Зоне.
-Изменению подверглась и торговля: практически всё оружие и бронежелеты можно купить с самого начала у барыг, но денег на это никто просто так вам давать не будет. Были добавлены торговцы на новые локации.
-Добавлено множество новых группировок. Около 10. В основном, это банд-формирования и группы сталкеров: ну не может только одна банда во главе с Боровым быть в Зоне. Из-за перемирия между «Долгом» и «Свободой» наблюдатели этих группировок добавлены на крупные базы обеих группировок. О других группировках вы узнаете, проходя модификацию.

-Новые локации:
Темная Лощина.
Лаборатория Х20.
Военная лаборатория.
Мертвый город.
Генераторы.
Предбанник.
Заменены на билдовские аналоги локаций «Свалка» и «Янтарь».
Вырезана из игры ЧАЭС-2.

-Оружие:
АК-9
АК-74М
АК-105
AK-74M "Kastom"
АКС-74
ПКМ
АС Вал «Кобра»
ВСС "Винторез" ПСО-3
FN FAL "Десантник"
HK G36C
HK 416 D10RS
HK XM8 Para
Colt M16A4
SIG SG 550 Sniper
SR-25
М4А1
Игломёт
Арбалет
Kriss super V
FN-P90
ScorpionVz.61
M4A1-SOPMOD
MP-444 Багира 9x18
Taurus Raging Bull
Remington 870 «Marine Magnum»
Mossberg 590 12 Gauge
Сайга-12С
Модифицированная винтовка Гаусса
ВССК Выхлоп

Теперь всё оружие правозатворное.
Новые звуки стрельбы, перезарядки.

-Движковые правки(Cut X-Ray Project):
Смерть от первого лица.
Исправлен вид от третьего лица.

-Адаптированы AI-pack’и (нпс стали умнее).
-Добавлены вырезанные монстры и части тел(присутствуют и новые виды зомби).
-Биорадар.
-Ремкомплект.
-Новые визуалы НПС.
-Новые загрузочные экраны.