А смысл? Плодить группировки? На мой взгляд сталкеров, Долга, Монолита, бандитов и военных с определёнными подразделениями (как Военные Сталкеры) с их концепциями и основами вполне хватит. За глаза. Только углубляй смысл и расширяй данные.

Что же касается переработки и "пложения" фракций - по сути неважно, что убирать. Можно вообще убрать группировки, оставив 4 основных фракции, которые могут быть разбиты на более мелкие группы, причем 4ая - вообще неиграбельна:
1. Военные и ученые (армия, ученые, военные сталкеры, агенты СБУ :)).
2. Сталкеры (сталкеры-одиночки, сталкерские кланы разной направленности, мародеры и бандиты, наемники).
3. Полусверхестественные силы Зоны (О-Сознание, Монолит, Темные сталкеры и т.д.).
4. Торговцы Зоны.
Конечно, можно поизвращаться, и придумать что-нибудь этакое, но, согласись - это основа, из которой можно налепить что угодно.
- Из армии - наши войска, части НАТО, наблюдатели ООН и т.д.
- Ученые - опять же наши, зарубежные и т.д.
- Военные сталкеры - враждебные и невраждебные, отряды добычи или отряды охраны.
- сталкеры - охотники за артами, охотники за мутантами, охотники за загадками Зоны; кланы, борющиеся за влияние в Зоне; бандиты по понятиям и отморозки, а может быть те же сталкеры, но охраняющие свои территории и берущие плату за проход/поиск артов; наемники - охотники за головами, охранники, охотники за информацией.
- сверхестественные силы могут быть вовсе какие угодно.
- торгаши и в африке торгаши, без них все уйдет в голимый бартер, скучный и надоедливый.

Например я вижу группировки Зоны таким образом:
1. Долг - группировка, образовавшаяся в Зоне одной из первых. Её предыстория не так жизнерадостна, как хотелось бы думать:
При возникновении Зоны, многие люди задавались вопросами: Что есть Зона? Откуда она появилась? Какие тайны она хранит? Что за аномалии? Первые сталкеры были как раз основатели группировки Долг. Это были обычные люди, которых заинтересовала тайна Зоны. Они попытались разузнать в чём суть всех событий. Собралась небольшая группа людей на кардоне, и они выдвинулись вперёд, вглубь. Первые сталкеры, кто рискнул пройти дальше. Но, чем дальше они уходили и приближались к ЧАЭС, тем больше невиданного они узнали. Это Долг узнал про аномалии... Они проходили через них потом и кровью... оставляя своих друзей погибать, сами не понимая что происходит... Это Долг увидел первых невиданных ранее существ Зоны, с которыми им пришлось бороться. Долг был первопроходцем, а выжили с той экспедиции только несколько человек. Эти люди поклялись отомстить за своих друзей. Эти люди осознали страх и ужас Зоны, и какие беды она может принести, если охватит всю планету. Эти люди поклялись защитить своих близких и родных, даже ценой собственной жизни. Главное чтобы близких не коснулась судьба их друзей.
Отсюда и название - Долг. Эти люди оказались Должны своим друзьям... Они делают всё, лишь бы искупить свою вину перед ними и остановить ужасы Зоны. Поэтому они ненавидят всё что с Зоной связанно - артефакты, мутанты, аномалии и прочие чудеса ...

2. Свобода. Группировка антипод Долгу. Образовалась спустя несколько лет, после первого похода сталкеров в Зону. На момент образования были уже известны большинство видов аномалий, были известны различные монстры и как от них защищаться. Во всю велась торговля артефактами. Группа сталкеров создала группировку, которая оказалась приютом для многих людей, кто искал своё Я. В её составе оказались те, кто не нашёл своего места в этой жизни - бездомные, люди потерявшие своих родных и близких, потерявшие работу, потерявшие смысл жизни, потерявшие "самого себя". Отсюда и название группировки - Свобода. Эти люди в Зоне оказались Свободными от тягостей и ужасов современной жизни. Ведь на всей земле нет уже такого уголка, где можно было бы скрыться от этого извращённого общественного сознания, которое направленно лишь на то, как заработать больше денег... Эти люди бежали, как они считают, из 10 круга Ада, которым является наша Земля. В Зоне они чувствуют властными над собственной жизнью, что ни какой дядя не отнимет у тебя последнюю копейку и не бросит тебя подыхать. Свобода символизирует свободу человеческой жизни, таким образом, какой она должна быть. Группировка Свобода - это жители зоны. Зона - их дом. А как известно: Мой дом - моя крепость. Каждый человек будет защищать свой дом до последней капли крови, это ведь самое дорогое, что есть у нас.

И вот отсюда и противостояние Долга против Свободы. Одни хотят уничтожить Зону, другие сохранить её как свой Дом.

Только в моём понимании есть различие с основным принципом группировок у GSC: Свобода как раз не за гласность всех тайн Зоны, а наоборот - они пытаются сохранить тайны своего дома. Они очень много знают о Зоне, но никому ничего не рассказывают, дабы избежать толп мародёров. Вы же в свой дом не пускаете каждый день по 5 незнакомых людей, не даёте им покушать и по 5 тысяч рублей на дорожку (артефакты)? Вот и они не пускают никого в свой дом и охраняют свои тайны
Долг же наоборот, пытается разгадать все тайны Зоны и придать им огласку. Чем больше ужасов они смогут представить Миру, тем больше вероятность того, что Зону уничтожат всеми возможными средствами.